Đối với tác phẩm bonsai, rễ còn là yếu tố làm tăng thêm vẻ đẹp, cũng như tạo cảm giác già cỗi (nhất là rễ lồi trên mặt đất). Do đó một cây bonsai hoàn chỉnh phải có một bộ rễ hoàn chỉnh, không thể khiếm khuyết. Tuy nhiên trong thực tế không phải cây nào cũng được hoàn thiện. Để khắc phục, người ta đã sử dụng phương pháp ghép rễ. Nói chung tất cả các chủng loại cây dùng làm bonsai đều có thể ghép rễ, thí dụ: cần thăng, mai chiếu thủy, gừa, sanh, si, sộp v.v... miễn là chúng cùng loài với nhau.Rễ là thành phần không thể thiếu của thực vật. Rễ hút nước và muối khoáng để nuôi cây và phát triển.Đồng thời rễ còn làm cho cây đứng vững trên mặt đất.
Đối với tác phẩm bonsai, rễ còn là yếu tố làm tăng thêm vẻ đẹp, cũng như tạo cảm giác già cỗi (nhất là rễ lồi trên mặt đất). Do đó một cây bonsai hoàn chỉnh phải có một bộ rễ hoàn chỉnh, không thể khiếm khuyết. Tuy nhiên trong thực tế không phải cây nào cũng được hoàn thiện. Để khắc phục, người ta đã sử dụng phương pháp ghép rễ. Nói chung tất cả các chủng loại cây dùng làm bonsai đều có thể ghép rễ, thí dụ: cần thăng, mai chiếu thủy, gừa, sanh, si, sộp v.v... miễn là chúng cùng loài với nhau. Có nhiều cách ghép nhưng phổ biến nhất là hai cách ghép dưới đây:
Phương pháp khoan lỗ:


Trước hết ta chọn một cây nhỏ cùng chủng loại với gốc sao cho tương đối phù hợp với dáng thế của cây và ý muốn dàn dựng bộ rễ nơi khiếm khuyết đó.Nhổ cây bonsai ra khỏi chậu và giũ sạch đất, kết hợp với tỉa bớt cành lá.Dùng một lưỡi khoan - vừa bằng đường kính cây nhỏ mà ta muốn lấy làm rễ - khoan xuyên gốc cây bonsai nơi mà ta muốn rễ mọc ra từ đó.
Sau đó ta nhét cây con vào lỗ đã khoan cho xuyên suốt gốc cây và ló ra ngoài từ 2cm - 3cm, lấy dây buộc chặt để cố định rễ ghép ở nơi muốn ghép. Lấy mỡ bò trộn ký ninh hoặc mác-tít trét kín khe hở ở hai đầu để nước không ngấm vào. Xong trồng lại vào chậu đã thay phân đất mới kết hợp sửa bộ rễ cũ và mới theo ý muốn. Tưới cây và để vào nơi thoáng mát, khuất gió khoảng một tháng rồi chuyển dần ra nắng. Cây con dùng làm rễ sẽ nẩy chồi khắp nơi ở cả hai đầu và ta để cho nó phát triển tự do. Trong vòng 4 - 6 tháng thì cây con dùng làm rễ sẽ lớn dần ra bít kín những khe hở và dính liền da với gốc ghép. Sau đó ta cắt nốt 2cm - 3cm phần ló ra cho sát gốc ghép và lảy hết những cành lá mọc ở rễ ghép. Như thế ta đã có được một bộ rễ như ý vì đã dính liền với nhau nên chúng nuôi sống lẫn nhau. Với phương pháp này ta có thể ghép cùng lúc 3 - 4 rễ quanh gốc. Lúc đầu mới nhìn ta dễ phân biệt ra rễ ghép vì nó có màu sáng hơn gốc. Nhưng càng về lâu thì màu rễ và gốc sẽ giống nhau nên rất khó phân biệt. Phương pháp áp rễ:


Cách tiến hành cũng tương tự như khoan lỗ nhưng thay vì khoan người ta gọt vạt một phần vỏ rễ nơi định ghép và một phần vỏ cổ rễ cây ghép sau đó áp chặt vào nhau rồi dùng dây nilon mềm cuốn lại hoặc dùng ghim nhôm cố định rễ ghép và gốc ghép, Trong khoảng thời gian 2-3 tháng rễ cây sẽ liên kết với nhau. Chờ thêm một khoảng thời gian 6 tháng đến một năm, rễ ghép khỏe mạnh sẽ cắt bỏ phần thân của gốc ghép.